Учебные заведения, реализующие программы высшего духовного образования, - это православные и католические университеты, институты, академии и семинарии. Семинарии выпускают священнослужителей, церковнослужителей, регентов и других церковных работников, а академии – всех перечисленных выше «специалистов», а также преподавателей и научных сотрудников для духовных школ и духовных университетов.

В духовных университетах и институтах чаще всего обучают по направлениям «Теология», «Религиоведение», «Философия», «Социальная работа». Однако это далеко не полный список. Здесь можно учиться также по специальностям «Культурология», «Искусствоведение», «Работа с молодежью», «Туризм» (готовят специалистов паломнических служб), «Искусствоведение», «Живопись», «Декоративно-прикладное искусство», «Художественное руководство оперно-симфоническим оркестром и академическим хором», «История», филологическим и педагогическим специальностям. Многие духовные вузы обучают по программам бакалавриата, магистерским и докторским программам.

Требования к поступающим в духовные семинарии и академии более жесткие, чем к абитуриентам духовных университетов и институтов. Кроме среднего (высшего) светского образования часто требуется еще и духовное. В зависимости от монастыря,  при котором работает семинария, сюда принимаются либо только мужчины, либо только женщины.

Лица мужского пола, поступающие в православные семинарии, должны быть холостыми или женатыми первым браком. Причем жена должна быть тоже православной веры. Желающие поступить в католическую духовную академию должны быть римско-католического вероисповедания. Они не должны быть женаты и не должны иметь детей.

На вступительных испытаниях нужно продемонстрировать осмысленное знание нескольких молитв (иногда около 30). Абитуриенты православных семинарий должны свободно читать богослужебные книги на церковнославянском языке. Иногда для них устраивают прослушивание по церковному пению и собеседования по Церковной истории,  Священной истории Нового Завета, Священной истории Ветхого Завета и др.

Образование в большинстве высших духовных заведений, как и в духовных школах и профессиональных учебных заведениях, бесплатное. Питание и проживание студентам предоставляется также бесплатно.