В качестве базы для исследования в проекте «Лучшие образовательные программы инновационной России» представлены все вузы и все реализуемые образовательные программы.

В первую очередь, свое мнение о качестве программ предоставляют члены Гильдии экспертов в сфере профессионального образования. Также к голосованию привлекались представители руководящего звена высших учебных заведений (ректоры, проректоры, деканы, заведующие кафедрами, начальники учебно-методических управлений и отделов качества образования). В оценке качества программ принимали участие и работодатели, которых интересует профессиональная компетентность выпускника. В проекте они представлены общероссийскими и региональными объединениями работодателей и экспертами­-практиками, принимающими участие в профессионально­-общественной аккредитации.

Кроме того, к экспертному мнению были добавлены достижения студентов, обучающихся на данных образовательных программах. Показателен также анализ грантов и именных стипендий, получаемых студентами и аспирантами.

В качестве дополнительного показателя качества образования по образовательной программе в отдельно взятом вузе могут быть использованы результаты Единого государственного экзамена. Поступление в вуз осуществляется преимущественно по результатам ЕГЭ, что позволяет зачислять достойных абитуриентов. А высокий балл ЕГЭ свидетельствует о престижности, востребованности и потенциально высоком уровне подготовки по программе.

И наконец, в проекте «Лучшие образовательные программы инновационной России» учитывалась внешняя оценка образовательных программ – в первую очередь, профессионально-общественная и международная аккредитация. Во внимание принимаются сертификаты только тех агентств, которые входят в международные реестры (EQAR или Washington Accord).