Конфликтная комиссия создаётся для обеспечения объективности оценивания экзаменационных работ и разрешении спорных вопросов, возникающих при проведении Единого государственного экзамена.

Ежегодно каждый регион создаёт свою конфликтную комиссию. Их формируют органы исполнительной власти субъекта Российской Федерации, осуществляющие управление в сфере образования. В состав комиссий входят представители органа исполнительной власти региона, осуществляющего управление в сфере образования, иных органов государственной власти субъекта, органов местного самоуправления, осуществляющих управление в сфере образования, школ, ссузов и вузов, образовательных учреждений дополнительного профессионального образования этого региона, а также общественных объединений и организаций. Однако в состав конфликтной комиссии не могут быть включены члены ГЭК и предметных комиссий.

В целях рассмотрения апелляций участников ЕГЭ, сдающих испытание за пределами территории страны создаётся федеральная конфликтная комиссия. Полномочия федеральной комиссии те же, что и у региональных, но по отношению к образовательным учреждениям России, расположенным за пределами страны.

Конфликтная комиссия принимает и рассматривает апелляции участников ЕГЭ:

• о нарушении установленного порядка проведения ГИА по общеобразовательному предмету;
• о несогласии с выставленными баллами.

Не принимает:

• по содержанию и структуре контрольных измерительных материалов (КИМ);
• в связи с нарушением правил проведения ЕГЭ и правил заполнения бланков самим экзаменуемым.