судя по информации на сайте университета, такого направления подготовки в магистратуре нет. Но можно будет поступить на любую другую специальность близкую к этой. или на любую другую..

Т.е. я могу поступить в магистратуру по направлению прикладная математика и информатика или программная инженерия? Но не будет ли это считаться переквалификацией?

Да. Но для поступления в любую магистратуру необходимо сдать некоторые экзамены. ну в общем-то, да - это будет переквалификация. Но всё равно, если сдашь экзамены успешно, будешь учиться бесплатно. Вот еще почитай по ссылке.